1.病原學檢查
（1）涂片 直接檢查肺炎患者的痰，腦膜炎患者的腦脊液，化膿性感染病灶處膿性分泌物，均可做涂片染色檢查，如發現革蘭陰性短桿菌有助于診斷。
（2）細菌培養 流感桿菌腦膜炎等感染與其他細菌性腦膜炎等表現并無不同，最可靠的診斷依據是由血液、腦脊液中及局部分泌物中查到病原菌；以免疫化學方法鑒定新分離菌的莢膜腫脹反應及從上述體液、濃縮尿等標本中檢查莢膜物質，這些也可作為佐證。咽培養和痰培養則不能除外為帶菌所致，須結合臨床及其他檢查綜合考慮。
（3）對流免疫電泳（CIE） 對細菌性腦膜炎患兒的腦脊液進行細菌培養和CIE檢測Hib抗原發現，細菌培養陽性率為13.3%（8/60），CIE陽性率為90%（54/60）；其中b型流感嗜血桿菌培養陽性率5.0%（3/60），b型流感嗜血桿菌CIE檢測陽性率51.7%（31/60）。
（4）細菌核酸檢查 已有人在試用，聚合酶鏈反應法檢查細菌特異性核酸片段，但敏性和特異性尚不夠穩定，仍在研究中。
（5）免疫學檢查 用酶聯免疫吸附試驗檢測特異性免疫球蛋白M（IgM）抗體，用反向血凝試驗檢測細菌抗原，比細菌培養更快獲得結果。
（6）其他檢查 依據患者感染部位可選擇進行X線拍片、CT等檢查以協助診斷。肺炎者X線表現與肺炎球菌肺炎相似。
2.血象
血白細胞計數，輕癥者可在正常范圍，重癥者則可增高達10×10/L以上，中性可占80%以上。
3.腦脊液檢查
與其他化膿菌引起者相似，蛋白增多，糖和氯化物減少，白細胞計數增多達1000×10/L以上，多核細胞占多數。