因其基因組較小,流感嗜血桿菌是第一種完成全基因組測序,而又能自由生存的生物。它的基因組包含了1,830,140的DNA堿基對及1740個基因。流感嗜血桿菌的基因組測序計劃由基因組研究所策劃,于1995年完成并刊登于《科學》雜志上。