有三種類型的流感病毒：甲型、乙型和丙型。甲型流感病毒感染人類和多種不同動物。乙型流感病毒僅在人際傳播并引起季節性的疾病流行。丙型流感病毒既可以感染人類，也可以感染豬，但病情通常較為溫和，而且很少進行報告。 [2]
流感病毒顆粒外臘由兩型表面糖蛋白覆蓋，一型為植物血凝素（即H），一型為神經氨酸酶（即N） [3] ，根據不同種類病毒表面蛋白血凝素（H）和神經氨酸酶（N）的結合情況，甲型流感病毒又分類為亞型。有18種不同的血凝素亞型和11種不同的神經氨酸酶亞型。 [2]
根據宿主源，甲型流感病毒可以分類為禽流感、豬流感或其它類的動物流感病毒。例如甲型H5N1和甲型H9N2禽流感病毒亞型以及甲型H1N1和H3N2豬流感病毒亞型。甲型動物流感病毒有別于人類流感病毒，而且不容易在人與人之間傳播。 [2]
在禽鳥中引起嚴重疾病并造成很高死亡率的病毒被稱為高致病性禽流感。在家禽中引起疾病暴發但通常不涉及嚴重疾病的病毒被稱為低致病性禽流感。 [2] 所有人類的流感病毒都可以引起禽類流感，但不是所有的禽流感病毒都可以引起人類流感。