乙腦病毒為球形，直徑50nm，內有衣殼蛋白（C）與核酸構成的核心，外披以含脂質的囊膜，表面有囊膜糖蛋白（E）刺突，即病毒血凝素，囊膜內尚有內膜蛋白（M），參與病毒的裝配。病毒基因組為單股正鏈RNA，全長11kb，自5′至3′端依次編碼結構蛋白C、M、E以及非結構蛋白NS1—NS5，病毒RNA在細胞漿內直接起mRNA作用，翻譯出結構蛋白和非結構蛋白，在胞漿粗面內質網裝配成熟，出芽釋放。
