臨床診斷主要依靠流行病學資料、臨床表現和實驗室檢查的綜合分析，確診有賴于血清學和病原學檢查。
1.流行病學資料
本病多見于7～9三個月內，南方稍早、北方稍遲。10歲以下兒童發病率最高。
2.主要癥狀和體征
起病急，有高熱、頭痛、嘔吐、嗜睡等表現。重癥患者有昏迷、抽搐、吞咽困難、嗆咳和呼吸衰竭等癥狀。體征有腦膜刺激征、淺反射消失、深反射亢進、強直性癱瘓和陽性病反射等。
3.診斷標準
（1）疑似病例在流行地區蚊蟲叮咬季節出現發熱、頭痛、惡心、嘔吐、嗜睡、頸抵抗、抽搐等。
（2）確診病例①曾在疫區有蚊蟲叮咬史。②高熱、昏迷、肢體痙攣性癱瘓、腦膜刺激征及大腦椎體束受損（肌張力增強、巴氏征陽性）。③高熱、昏迷、抽搐、狂躁，甚至由于呼吸衰竭、循環衰竭而死亡。④病原學或血清學檢查獲陽性結果。
（3）臨床診斷疑似病例加①和②或②、③項，并排除細菌性腦膜炎。