病因診斷取決于本病的發生部位。下肢的SVT，主要病因仍然是靜脈曲張。靜脈曲張的局部損傷常為SVT發生的促發因子。在特發性、游走性或者復發性SVT或者無靜脈曲張時，需要確定是否存在其它的病理狀態如自身免疫性疾病（特別是白塞氏病和伯格氏病）、惡性腫瘤和易栓狀態，包括：因子V Leiden基因變異、凝血酶原G202010A基因變異、肝素輔因子2缺陷、蛋白S和蛋白C缺陷，抗凝血酶III缺陷、狼瘡抗凝物和抗磷脂抗體缺陷、纖溶活性異常、口服避孕藥、激素替代治療、妊娠、肥胖、長期制動、最近的外科手術、創傷、硬化療法、靜脈血栓栓塞病史、靜脈輸注低張和高張溶液、使用藥物（包括安定、胺碘酮、萬古霉素、海洛因）和靜脈插管。
對于上肢和頸部的SVT，主要病因由醫源性介入操作如靜脈穿刺插管或者靜脈注射藥物（化療、吸毒）組成。Mondor’s病，主要影響胸壁和女性乳房的淺靜脈，在大多數情況下是特發性的，但是有時與劇烈運動或者創傷有關，在個別情況下，與乳腺癌或者易栓癥有關。