因為缺乏特征性的臨床表現和特異性的實驗室診斷指標，該病的早期診斷困難，誤診率較高，需要綜合考慮。但早期診斷、及時治療對病情預后極為重要。
如在臨床上患者出現以下幾種情況應考慮深部真菌病的可能：伴有各種誘發真菌感染的易感因素；存在呼吸道、消化道、泌尿道臨床癥狀；患者出現新的發熱(原體溫正常或已經下降)或持續性的發熱伴血中白細胞上升；使用多種抗生素治療效果不佳；高危患者痰液、尿液中發現真菌菌絲；高危患者采取同一標本，如血、尿、痰、分泌物或引流物等，經連續2次以上培養出同一種真菌，或多次涂片查出大量真菌孢子或菌絲。