①中醫治療：潰瘍性結腸炎在中醫應屬于“泄瀉”，“腸澼”，“休息痢”等范疇，其治療則為中醫辨證和西醫辨病相結合的“整體觀念”為指導，因此，治宜攻補兼施，祛邪為主，兼顧培土扶正，以健運脾胃，利濕熱為主，祛邪應清熱消炎，可選用黃連，黃芩，白頭翁，馬齒莧，蒲公英，敗醬草等；扶正健脾，利濕，可選用黨參，黃芪，茯苓，山藥，扁豆，苡仁，白術等，再根據患者具體癥狀，進行加減，有報道參苓白術散合連理湯加減，白頭翁合霍樸夏苓湯加減或痛瀉要方合白頭翁湯加減，治療潰瘍性結腸炎，均取得較好效果。
②中藥灌腸治療：A.濕熱實證者以黃芩15g，黃連10g，秦皮10g，白皮翁30g，白芍15g，白芨15g，石榴皮15g，B.脾虛夾濕證者以黃芪30g，黃連10g，黃芩10g，馬齒莧30g，白芨10g，蒼術50g，五倍子5g，上二方均為水煎50～100ml，待冷，每晚睡前保留灌腸1次，半個月為1個療程，也可用錫類散，黃連素，苦參，云南白藥，保留灌腸者。
亦有用中成藥如結腸寧，補脾益腸丸，結腸炎丸等與西藥配合治療潰瘍性結腸炎，取得良好效果。
③潰瘍性結腸炎的營養治療：潰瘍性結腸炎的營養障礙的發生率很高，因而治療上應全面糾正營養障礙，營養治療是根據病理與患者心理，生理基本特點，用恰當方式給恰當的營養以增強機體抵抗力，促進組織的修復，營養治療作為潰瘍性結腸炎的支持和輔助治療措施，近幾年來逐漸引起人們重視，對重癥，活動期不能進食或以飲食方式不能提供營養的病人，營養治療具有癥狀緩解，機體狀態改善，合成代謝增強，免疫功能改善等優點，它是治療的手段之一，與藥物，手術等具有同等的重要性。