1、溶血尿毒綜合征應與血栓性血小板減少性紫癜相鑒別。溶血尿毒綜合征伴有發熱及中樞神經系統癥狀者，不易與血栓性血小板減少性紫癜相鑒別，后者中樞神經系統損害較溶血尿毒綜合征多見，并且重，而腎損害較溶血尿毒綜合征輕。另外，血栓性血小板減少性紫癜主要見于成人，而溶血尿毒綜合征主要見于小兒，特別是嬰幼兒。
2、還需與免疫性溶血性貧血、特發性血小板減少癥、敗血癥、陣發性睡眠性血紅蛋白尿、急性腎小球腎炎、各種原因所致的急性腎衰竭等相鑒別。免疫性溶血性貧血；免疫性溶血性貧血，是指由于免疫功能紊亂產生某種抗體能與自己正常紅細胞表面的抗原結合或激活補體，引起紅細胞過早破壞而導致的一組獲得性溶血性貧血。
3、敗血癥：敗血癥(septicemia)是指細菌進入血液循環，并在其中生長繁殖、產生毒素而引起的全身性嚴重感染。臨床表現為發熱、嚴重毒血癥狀、皮疹瘀點、肝脾腫大和白細胞數增高等。分革蘭陽性球菌敗血癥、革蘭陰性桿菌敗血癥和膿毒敗血癥。以抗生素治療為主，輔以其他治療方法。預防措施為避免皮膚粘膜受損，防止細菌感染。
4、陣發性睡眠性血紅蛋白尿：陣發性睡眠性血紅蛋白尿(paroxysmalnocturnalhemoglobinuria,PNH)，系獲得性的紅細胞膜缺陷引起的慢性血管內溶血，常睡眠時加重，可伴發作性血紅蛋白尿和全血細胞減少癥。本病雖少見，但近年發病有增多趨勢。我國北方多于南方，半數以上發生在20~40歲青壯年，個別10歲以下及70歲以上。男性多于女性。
5、急性腎小球腎炎：急性腎小球腎炎(acuteglomerulonephritis)常簡稱急性腎炎。廣義上系指一組病因及發病機理不一，但臨床上表現為急性起病，以血尿、蛋白尿、水腫、高血壓和腎小球濾過率下降為特點的腎小球疾病，故也常稱為急性腎炎綜合征(acutenephriticsyndrome)。臨床上絕大多數屬急性鏈球菌感染后腎小球腎炎(acutepoststreptococcalglomerulonephritis)。本癥是小兒時期最常見的一種腎臟病。年齡以3～8歲多見，2歲以下罕見。男女比例約為2∶1。