根據內含物和形成階段的不同，溶酶體可分為兩大類，具有均質基質的顆粒狀溶酶體稱為初級溶酶體（primary lysosome），含有復雜的髓磷脂樣結構的液泡狀溶酶體稱為次級溶酶體（secondary lysosome）。屬于初級溶酶體的溶酶體，具有肝實質細胞（肝細胞）的高電子密度的顆粒等。這種溶酶體雖含有水解酶，但是它是未進行消化作用的溶酶體。次級溶酶體（消化泡）是由初級溶酶體與細胞吞噬作用所產生的吞噬體相互融合而成的，并且是已供給水解酶的溶酶體。在次級溶酶體中含有攝食的物質，并對其進行消化。消化后所殘留的未消化物稱為殘余小體。一般認為，殘余小體在變形蟲等細胞中被排出細胞之外，但在其他細胞中，則長期留在細胞中，而成為細胞衰老的原因。