火焰光度檢測器利用氫擴散火焰,首先通過燃燒分解從色譜柱中流出的含P和S的化合物分子,使之稱為碎片,然后把這些碎片激發到高能級,這些激發態的分子隨后回到基態,發射出特征的帶狀光譜。這些發射光通過通帶中心在392nm(對于硫)或526nm(對于磷)處的濾光片,用光電倍增管測定其強度。