1、下丘腦-垂體-卵巢軸功能異常，臨床上很多患者和多囊卵巢綜合征患者的基本病理生理改變是卵巢產生過多雄激素而雄激素的過量產生是由于體內多種內分泌系統功能異常協同作用的結果。
2、體腔上皮反復受經血激素或慢性炎癥的刺激可以化生為子宮內膜樣組織形成子宮內膜異位癥，80%的子宮內膜異位癥發生在卵巢與卵巢生發上皮的化生潛能有關，但目前很多學者認為腹膜刺激合并子宮內膜異位癥是果而不是因而且腹膜刺激都發生在異位灶以外的部位。
3、環境因素：膳食結構不合理,高膽固醇飲食、而維生素A、C、E的缺乏、吸煙、電離輻射等環境因素與其發生有關；
4、長期的飲食結構：生活習慣不好、心理壓力過大等因素造成體質過度酸化，人體整體的機能下降，引起腎虛，肝腎同源，腎卵巢囊腫病理虛肝亦虛，進而引起下焦代謝循環變慢，造成卵巢疾病和內分泌失調，免疫功能下降，從而發展為卵巢組織異常增生,終致卵巢囊腫，甚至癌變。
5、內分泌因素：未產婦或未育婦的發病率增加，而妊娠對卵巢癌似有保護作用；月經初潮偏早(12歲之前)、絕經時間在50歲之后、月經過頻、應用促排卵劑超過3個周期(使用時應與您的醫師討論)、性早熟或男性化等也與卵巢囊腫的發生有關。