1.X 線檢查 發病部位以末端回腸為多見，早期由于黏膜下層炎癥水腫，X線檢查表現腸黏膜皺襞增粗、變平及消失，病變腸形態較固定，但腸管一般無明顯狹窄。其他腸道可出現分節、舒張等功能改變。由于分泌增多，鋇劑常分散呈斑片狀。隨著病變的發展，黏膜下層可有大量肉芽組織增生，黏膜皺襞可出現卵石樣或息肉樣充盈缺損，潰瘍形成后，腸腔充盈時輪廓常呈鋸齒狀或尖刺狀，此即龕影所在。腸管外形常固定，局部蠕動消失。因腸壁增厚，腸間距可增寬。晚期腸段可發生大量纖維化。腸腔明顯狹窄時，X 線顯示腸腔呈線狀不規則狹窄，黏膜皺襞消失，狹窄段長短不一，從1～2cm 到較長范圍不等，而且可以間斷多發。有時見機械性腸梗阻的X 線表現，但多為不完全性腸梗阻。
局限性腸炎單獨侵犯結腸者較少見，多發生于右側結腸，尤以盲腸好發，并常同時伴有回腸末端病變。結腸受侵犯時也可發生于多個節段，并累及左側結腸。早期表現為結腸動力增速，刺激征象明顯，鋇劑不易充盈。慢性期腸腔變窄，腸袋變淺或消失，多為一側性，但有時亦可呈對稱性，腸管邊緣可有乳頭狀高低不平的突出或有縱行的小潰瘍。除小腸及結腸改變外，還可出現多發性周圍性關節炎，但在X 線上可以不出現關節侵蝕改變。骶髂關節炎的X 線改變同強直性脊柱炎。Acheson(1960)發現，在742 例局限性小腸炎病例中，2.3%有強直性脊柱炎。
2.內鏡檢查 纖維結腸鏡檢查可發現小的和初期病變，通過活檢可獲得確切診斷。內鏡可見：①潰瘍；②黏膜呈鋪路石形；③充血、水腫；④袋形改變，狹窄、假息肉形成等。腸壁潰瘍有兩種：一種為細小潰瘍，多見于早期；另一種為較大的圓形、橢圓形或縫狀潰瘍。在病灶處活檢可找到典型的肉芽腫和非特異性炎癥乙狀結腸鏡檢僅對直腸和乙狀結腸病變有價值，部分病人活檢可見到肉芽腫。食管、胃、十二指腸和空腸病變者，可作纖維內鏡檢查。