沙眼衣原體在分類學上屬于衣原體目,衣原體科,衣原體屬。有不同的亞型,引起泌尿生殖道感染的主要是D-K型。沙眼衣原體革蘭染色陰性,需要在細胞內寄生。沙眼衣原體感染的主要病理改變是慢性炎癥,造成組織損傷,后期還可以形成瘢痕,影響器官的功能。