隨著環境的惡化，人民生活水平的提高，人們對環境污染和食品安全的火注程度正在不斷地加強，生物毒素作為影響環境和健康的重要閃素也逐漸明朗起來，鑒于生物毒素獨特的結構以及不易找到解毒劑。尋找快速、高靈敏度、高特異性的生物毒素檢測方法，顯得尤為重要。根據最近幾年的報道總結，生物毒素檢測方法主要有高效液相色譜、質譜和免疫學檢測法以及其他一些方法。
一、高效液相色譜檢測方法
高效液相色譜法以其靈敏度高、特異性強的特點廣泛應用于生物毒素的檢測中，通常將高效液相色譜法分為液同色譜法、液液色譜法、離子交換色譜法和凝膠色譜法。
二、質譜檢測方法
與傳統的生物毒素檢測技術(如PCR技術、抗體技術等)相比，質譜技術具有檢測范圍廣、靈敏度高、速度快、操作簡單等優點，因而隨著質譜技術的成熟和不斷完善，該項技術將成為未來生物毒素檢測的有力手段。質譜技術按其應用角度和質譜儀類型主要有氣相色譜一質譜聯用法(GS-MS)、液相色譜一質譜聯用法(LC-MS)和其他一些質譜分析方法。
三、免疫學檢測方法
免疫學檢測方法是基于抗體與抗原或半抗原之間的高選擇性反應而建立起來的一種生物化學分析法。通常具有很高的選擇性和很低的檢出限，廣泛用于各種抗原、半抗原或抗體的測定，一般可分為熒光免疫法、發光免疫法、酶免疫法及電化學免疫法等非放射免疫法和放射免疫法，不過其中應用較廣的主要是免疫熒光法、放射免疫法和酶聯免疫吸附法。