用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設計BSP引物進行PCR,在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶,最后對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化稱為BSP-直接測序方法。將PCR產物克隆至載體后進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為BSP-克隆測序法。