1.以囊腫為中心做與皮紋一致的弧形橫切口。
2.如為瘺管因其瘺道常經舌骨中部或下部上達舌盲孔。要顯示瘺管便于完全切除，可先經瘺口注入亞甲藍液，使瘺管內壁呈藍色，將探針伸入瘺口，在其周圍邊緣做梭形切口。以鼠齒鉗提起瘺口邊緣的組織做牽引，沿瘺道做潛行分離，注意使瘺管保持完整。
3.在頸深筋膜淺面上分離顯露囊腫。
4.如有瘺管則沿其行徑向上分離至舌骨體處的根部至終止深處切除之。
5.也可在瘺管的兩側3～5mm處用骨鉗將舌骨切斷，去除瘺管及與其相關的舌骨中段。
6.甲狀舌骨囊腫（瘺），根部深達盲孔者。手術時需沿瘺管追蹤至舌根部。其解剖的方法可取以舌骨為中心做水平及垂直線，沿45°平分線，向上達舌盲孔。
7.術者用左手指伸至舌根，將舌向頸前部推移使囊腫（瘺管）底部接近切口。
8.將囊腫、瘺管分離到盲孔部。在瘺管根部結扎，將整個病變組織從舌底部切除。
9.舌骨的斷端間可留有空隙將其縫合修復。
10.盲孔處舌肌中的創口經清洗后用可吸收線縫合數針，避免誤傷舌神經，置引流條，用不吸收線縫合舌骨肌間隙。
11.按層縫合皮下組織和皮膚。