申克氏孢子絲菌是一種二形的真菌，在組織中和在37℃培養時生長成酵母形態，但在30℃培養時則生長成絲狀真菌。在30℃培養時，它能形成纖細、有橫隔的分支菌絲，在短的支持菌絲上或直接在主菌絲的邊上長出卵圓形的臺軸分生孢子(sympodu—loconidia)。在膿汁中很難用顯微鏡找到此菌。在組織中有特征性的形態是類似長形酵母的細胞，有時候被描繪為“雪茄形”，長2-10/μm，寬1-3μm。
