GYN的組織病理學與女性乳腺不同，無分泌乳汁的乳腺小葉，僅有乳管的增生和囊狀擴張，同時伴有纖維脂肪組織的增生。不同病因引起的GYN具有相同的組織學改變。早期的特點是腺管系統增生，腺管變長，出現新的管苞和分枝，基質的纖維母細胞增生。晚期（數年后）上皮增殖退化，漸進性纖維化和透明變性，腺管數目減少，并有單核細胞浸潤。當病情發展至廣泛的纖維化和透明變性階段時，乳腺很難完全消退。
依據乳腺組織中乳腺實質與脂肪組織的增生程度不同，Cohan將其分為以下3型:
①腺體型：增大的乳房以乳腺實質增生為主；
②脂肪型：增大的乳房以脂肪組織增生為主；
③腺體脂肪型：增大的乳房中乳腺實質和脂肪組織均有增生。Bannayan和Hajdu
根據乳房間質和乳腺導管組織的增生程度不同將GYN患者的乳房肥大分為3 型:
①旺熾型男性乳腺增生：病程在4 個月以內，特點是腺管上皮增生明顯，間質為大量的成纖維細胞，內含脂肪組織，伴有毛細血管增生的輕度淋巴細胞浸潤；
②纖維型或硬化型男性乳腺增生：病程在1 年以上，特點是病變主要由膠原纖維構成，內有散在的擴張乳腺管,伴有輕度或中度上皮細胞增生；
③中間型男性乳腺增生：病程在5～12個月之間，已開始間質纖維化，是介于以上兩型之間的中間階段。大多數學者認為這3 型再現了乳房增生持續的時間及與其癥狀相關聯的男子乳腺發育疾病的演變過程。