原理：酶反應法主要是利用番茄皮自身所含有的酶發生反應來提取番茄紅素。方法是在堿性條件下，使番茄皮中的果膠酶和纖維素酶反應，分解果膠和纖維素，使得番茄紅素的蛋白質復合物從細胞中溶出。
工藝流程：清洗新鮮番茄（粗稱）→100℃熱燙去皮（5～7s完成）→打漿→加熱鈍化酶活（85℃，20min）→冷卻到55℃，調pH值4.5左右（用磷酸和氫氧化鈉）→加果膠酶和纖維素酶混合酶（加量0.5g/100g番茄兩種酶比列為1∶2）處理2h→粗濾去核→加入含2%二氯甲烷的石油醚萃取，物料比1∶3左右→分離塔分離→成品 [5]
此方法與傳統的有機溶劑提取法相比，縮短了提取時間，同時提取率也有了顯著的提高。