皰性角結膜炎的發生，新的觀點多認為是一種感染免疫機制，由多種微生物蛋白質，如細菌中的結核菌素、金黃色葡萄球菌蛋白及真菌、衣原體或寄生蟲蛋白質引起的非特異性遲發型變態反應，有實驗研究提示皰性眼炎是一種對金黃色葡萄球菌細胞型抗原的超敏反應。當微生物蛋白等抗原進入機體后，產生抗體使T細胞致敏并使其增殖，使機體處于過敏狀態，及致敏的淋巴細胞再次受到相同抗原刺激時，致敏淋巴細胞一方面直接殺傷帶有抗原的細胞，同時釋放各種淋巴因子，引起局部反應，形成由單核細胞、巨噬細胞、淋巴細胞、漿細胞和多形核白細胞等組成的皰疹，即皰疹是由炎癥細胞和血管組成的上皮下炎癥小結，偶可自行消退，但通常壞死，形成淺潰瘍，預后角膜留有瘢痕。實驗和組織病理學觀察證實本病具有免疫介導發病的特征，也有研究證實其發生與眼表類固醇激素受體的激活有關。
本病多發生于兒童及青少年，特別是營養不良和過敏素質者。不良的衛生習慣、陰暗潮濕的居住環境對本病的誘發也有關系。維生素缺乏、葡萄球菌瞼緣炎和急性細菌性結膜炎等，均可能作為觸發機制導致這種疾病的發生。在發達國家，結核桿菌已取代葡萄球菌和蠕蟲感染成為皰性眼炎的第一因素。患者常伴發眼瞼、頰部、耳鼻及身體其他部位濕疹、淋巴結核、骨結核等。