1.皰疹性口腔炎，其特點為任何季節均可發病，呈現更大的，持續更久的潰瘍。
2.復發性口瘡和貝氏（Bednar）口瘡很少發生于咽部，而且一般無全身癥狀。
3.柯薩奇A組10型病毒也會引起類似病變（淋巴結性咽炎），但口咽部損害突出，呈現白色到黃色小結，治療為對癥處理。
