病理切片常用的染色方法是蘇木素-伊紅（Hematoxylin-Eosin）染色法，簡稱H.E染色法。這種方法對任何固定液固定的組織和應用各種包埋法的切片均可使用。蘇木素是一種堿性染料，可使組織中的嗜堿性物質染成藍色，如細胞核中的染色質等；伊紅是一種酸性染料，可使組織中的嗜酸性物質染成紅色，如多數細胞的胞質、核仁等在H.E染色的切片中均呈紅色。
H.E染色程序如下：脫蠟、脫苯、復水、染色、脫水、透明、封固
常規蘇木素染色中的對比染色是用伊紅，近年來在英、美國家的一些實驗室則采用焰紅（phloxine），此外也有用桔黃G（Orange G）、比布里希猩紅（Biebrich scarlet）、波爾多紅（Bordeaux red）等作為對比染色。伊紅為染胞質、膠原纖維、肌纖維、嗜酸性顆粒等常用的染料。