病理切片標本經過固定和沖洗后，組織中含有較多的水分，必須將組織塊內的水分置換出來，這一過程叫作脫水。無論是用石蠟切片，還是用火棉膠切片，都必須除去組織中所含水分，因含水組織與石蠟、火棉膠等包埋材料不相容，常用的脫水劑為一系列不同濃度的乙醇。
脫水的步驟是：80%、90%、95%、100%各種濃度乙醇2小時，此過程可用脫水機自控完成。
丙酮也是一種脫水能力很強的脫水劑，但因其脫水能力很強，對組織有劇烈收縮作用，在制作科研、教學切片時一般不用該試劑。因乙醇、丙酮等不溶于石蠟，還要經過一個能溶于石蠟的溶劑替代過程稱為透明。常用的透明劑有二甲苯、三氯甲烷、水楊酸甲酯等。