登革病毒基因組RNA約含有11000個核苷酸，MW為4.2×106。其5′端為I型帽子結構，3′端缺乏poly(A)尾，基因組的5′端和3′端均有一段非編碼區。基因組只有一個開放讀碼框，其5′端1/4編碼病毒3個結構蛋白（C、PrM和E），3′端3/4編碼7個非結構蛋白（NS1、NS2a、NS2b、NS3、NS4a、NS4b和NS5）。這些蛋白是以多聚蛋白形式進行翻譯合成后，由宿主蛋白酶切割而形成的。C蛋白構成核衣殼，富含精氨酸、賴氨酸。PrM蛋白在病毒成熟時，經酶裂解形成膜蛋白M后，固定于病毒包膜內層。E蛋白是病毒包膜的主要糖蛋白，與病毒的細胞嗜性、紅細胞凝集以及誘導紅細胞凝集抑制抗體和中和抗體的產生等有關。非結構蛋白NS1功能不清。NS2a和NS2b可能參與多聚蛋白的水解過程。NS3可能是在細胞液中起作用的病毒蛋白酶。NS4a和NS4b可能與RNA復制有關。NS5是病毒編碼的依賴RNA的RNA聚合酶。