白塞病性鞏膜炎的病因尚不清楚。美國學者在一些重癥患者淋巴細胞中查見HSV-1的染色體組，且將患者淋巴細胞用單純皰疹病毒感染攻擊后，產生較正常人及其他疾病為多的γ-干擾素。根據患者產生對HSV-1的抗體遠較正常人為高的現象，提出白塞病性鞏膜炎可能與HSV-1的感染有關。日本學者應用不同鏈球菌，特別是溶血性鏈球菌的抗原行皮刺試驗，發現該病患者有較對照組高和強的遲發性皮膚免疫反應，甚至可引起該病的復發，而且患者的淋巴細胞與鏈球菌共同培養后，可誘發產生刺激中性粒細胞功能的淋巴因子，所以認為該病可能與鏈球菌有關。有些學者根據約1/3患者過去有結核病史，或當前確診有不同的結核病，部分患者并有強的OT皮試反應，抗結核菌PPD抗體的陽性率及滴度均較對照組高，且部分患者行抗結核治療后取得滿意的療效，認為該病的發生與結核病有密切關系。3種論點皆在深入研究中，尚待做出肯定結論。不排除該病是一異質性疾病，由多種病因引起。