1、P63：P63是腫瘤抑制因子之一，結構和功能與P53類似；Pellegrini等發現在角膜緣的基底細胞有P63表達，在角膜表面的短暫增殖細胞沒有P63表達，因而認為P63是表皮干細胞的標志物。
2、CD71：CD71為表皮干細胞表面轉鐵蛋白受體。從細胞數量、形態、分布部位和所含標記保留細胞比例等多方面看，低水平表達CD71的那部分表皮細胞均符合表皮干細胞特征(由于干細胞的慢周期性可用標記保留細胞代表表皮干細胞)。
3、連接蛋白43(Connexin43，Cx43)：Roh等通過實驗顯示Cx43可能是兩種不同組織(角膜和表皮)干細胞的陰性表面標志物。
4、CD34：CD34是一種屬于I型跨膜蛋白的磷酸糖蛋白，主要在造血(祖)細胞上表達。通過實驗發現在培養條件下CD34+細胞比CD34-細胞具有更強的克隆能力，證實CD34+上皮細胞比CD34-上皮細胞具有更高的增殖潛能。此外證實CD34+細胞位于毛囊的隆突部，它們處于靜止期或在培養條件下有巨大的克隆能力，而且同標記保留細胞一樣，用免疫組織化學和放射自顯影法可以將CD34表達定位于毛囊的同一區域。因此這些細胞在生物學行為上與干(祖)細胞相似，故可以將其作為鑒別具有干細胞或祖細胞特征的毛囊細胞的標志物。