結直腸子宮內膜異位癥與結直腸腫瘤及炎性病變有某些共同點，臨床上常需加以鑒別。
1.結直腸腫瘤： 結直腸腫瘤的以下特點有助于鑒別：
①好發年齡偏大；
②很少有不育及月經異常史；
③病程較短；
④常伴有體重減輕，惡病質，腹水等晚期腫瘤癥狀；
⑤癥狀程度與經期無密切關系；
⑥鋇劑灌腸發現充盈缺損范圍較小，邊緣不規則但清晰，黏膜破潰。
應強調的是，受侵的腫塊應做病理檢查以明確病變性質，術中發現的直腸腫塊也應作冰凍切片檢查，不可隨意診斷為直腸癌而作腹會陰聯合切除術，國內外均有誤將直腸子宮內膜異位癥誤認為是直腸癌而作腹會因陰聯合切除術的報道。
2.結直腸炎性病變：結直腸炎性病變的下述特點有助于鑒別：
①常有發熱，體重減輕的病史；
②白細胞計數增高；
③大便常規檢查及細菌培養檢查有異常；
④鋇劑灌腸檢查見較長的充盈缺損，邊緣不整齊，黏膜變形，與正常部分分界不明確。