直腸脫垂的病因尚不完全明了，認為與多種因素有關。
1.解剖因素
發育不良幼兒、營養不良患者、年老衰弱者，易出現肛提肌和盆底筋膜薄弱無力；小兒骶骨彎曲度小、過直；手術、外傷損傷肛門直腸周圍肌或神經等因素都可減弱直腸周圍組織對直腸的固定、支持作用，直腸易于脫出。
2.腹壓增加
如便秘、腹瀉、前列腺肥大、慢性咳嗽、排尿困難、多次分娩等，經常致使腹壓升高，推動直腸向下脫出。
3.其他
內痔、直腸息肉經常脫出，向下牽拉直腸黏膜，誘發黏膜脫垂。
