真空冷凍干燥的微波加熱方式： 微波照射能使不同形狀的食品內外都得到加熱，大大縮短干燥時間（約10%～20%）。此外，干燥室的利用率也較高。盡管微波加熱具有明顯的優點，但是到目前為止還沒有在工業上成功的例子。這是因為產生微波形式的能量是昂貴的，其費用為蒸汽費用的10～20倍。另外，微波加熱過程很難控制。如果供熱量有余，會導致升華界面有少量冰融化，而水的介電常數比冰的介電常數大得多，水將吸收更多的熱量使溫度升高而使更多的冰融化，最終導致干燥失敗。
