真菌性關節炎的診斷依賴于在滑膜和關節液中找到致病真菌。滑膜組織培養比關節液培養陽性率高。涂片和培養要避免污染，以免干擾判斷。
1.X線攝片檢查
可見2/3患者鄰近關節處有骨髓炎。滑膜液病原菌培養陽性可以明確診斷。
2.培養菌
孢子絲菌病關節液或滑膜組織中培養出真菌即可確定診斷。組織學檢查可見肉芽腫性滑膜炎，但很少見到雪茄形菌體。
3.病原菌分離
芽生菌關節炎在臨床上與結核性關節炎難以區別，需依靠病原菌的分離，才能確定診斷。
