真菌性腸炎，主要由白色念珠菌寄生于腸黏膜引起炎癥而致病。但在下列情況時易繼發本病：
①當機體患嚴重肝腎疾病、粒細胞缺乏癥、或惡性腫瘤時引起惡質體，均可導致機體免疫功能降低。如長期使用抗生素、腎上腺皮質激素、化學抗癌藥物、免疫抑制劑和放療等皆可使機體和組織的抗病能力減弱，或腸道菌群失調，真菌乘虛而入，大量繁殖，侵襲組織而易引起腸道真菌病。
②真菌性腸火炎還可繼發于消化道某些疾病，如痢疾、腸梗阻、食管膿腫等。
