第一步
魚類的排泄物和未吃過的食物將會轉變為氨（俗稱阿摩尼亞）；那是因為在這些東西里需要氧的細菌會令蛋白質分裂。而氨是有毒的。
第二步
生存于氧氣中的硝化細菌，能把氨會轉變為亞硝酸鹽（NO2-）；亞硝酸鹽雖然僅有較小的毒性，但仍對魚類有致命的毒害。
第三步
亞硝酸鹽及后又被第二種硝化細菌轉變為硝酸鹽（NO3-）；而這硝酸鹽幾乎是無毒的，但突然或長期暴露在高濃度的硝酸鹽里是有害的。但幸運地，硝酸鹽的濃度是可以靠更換魚缸的水來降低。
第四步
硝酸鹽等會被不依附氧氣而生存的細菌（厭氧性細菌）變為氮氣而揮發，這就是一個完整的「氮化合物循環」。