建立的神經干細胞系絕大多數來源于鼠，而鼠與人之間存在著明顯的種屬差異；神經干細胞的來源不足；部分移植的神經干細胞發展成腦瘤；神經干細胞轉染范圍的非選擇性表達及轉染基因表達的原位調節；利用胚胎干細胞代替神經干細胞存在著社會學及倫理學方面的問題等。（神經干細胞系的建立可以無限地提供神經元和膠質細胞，解決了胎腦移植數量不足的問題，同時避免了倫理學方面的爭論，為損傷后進行代替治療提供了充足的種子細胞）。
