密碼子簡并性具有重要的生物學意義，它可以減少有害突變。若每種氨基酸只有一個密碼子，61個密碼子中只有20個是有意義的，各對應于一種氨基酸。剩下41個密碼子都無氨基酸所對應，將導致肽鏈合成終止。由基因突變而引起肽鏈合成終止的概率也會大大增加。簡并性使得那些即使密碼子中堿基被改變，仍然能編碼原來氨基酸的可能性大為提高。密碼的簡并也使DNA分子上堿基組成有較大余地的變動，例如細菌DNA中G+C含量變動很大，但不同G+C含量的細菌卻可以編碼出相同的多肽鏈。所以遺傳密碼的簡并性在物種的穩定上起著重要的作用。