細菌分類學上，腸球菌屬早期并不存在，現今的一些菌種本歸屬于鏈球菌屬。腸球菌在分類學上已經過多次變遷。1930 年，腸球菌被歸入 D 群鏈球菌。1984 年，DNA-DNA 雜交和 16SrRNA 測序表明屎鏈球菌（S．faecium） 和糞鏈球菌（S．faecalis）與其他鏈球菌顯著不同。同年，Schle-ifer 等提出腸球菌應從鏈球菌中脫離出來，形成一個新的腸球菌屬（Enterococcus）。到目前為止，以 16SrRNA 測序和 DNA-DNA 雜交作為分類基礎，該屬已增加到 28 種之多。不久之后，可能還會重新分類 [3] 。糞腸球菌為該屬中最常見的即為代表種。該屬通常指糞便來的可以用氮鈉分離鑒定的一群革蘭氏陽性球菌。由于腸球菌的菌種均含有Lancefield的D群抗原，亦稱D群糞腸球菌或D群腸球菌。腸球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。
糞腸球菌屬于動物腸道內的正常菌群，一般認為糞腸球菌對動物或人的機體無害，是一種共生菌。近年研究已證實，部分糞腸球菌在長期進化中出現毒力基因，可引起廣泛的感染。而且由于抗生素的長期和大量不規范使用，糞腸球菌獲得性耐藥性不斷上升，治療糞腸球菌感染日益困難 [4] 。