1.本菌特征
革蘭陽性球菌，觸酶試驗陰性，在6.5%NaCl中生長，膽汁七葉苷試驗陽性，45℃中生長 [5] 。
2.與鏈球菌屬和乳球菌屬的鑒別
腸球菌屬能在pH9.6的肉湯和45℃環境中生長，膽汁七葉苷和鹽耐受試驗陽性，而鏈球菌屬和乳球菌屬則相反 [5] 。
3.與屎腸球菌、鳥腸球菌的鑒別
糞腸球菌不分解L-阿拉伯糖，分解山梨覓醇。屎腸球菌能分解Ⅰ-阿拉伯糖，不分解山梨醇。鳥腸球菌分解L-阿拉伯糖、山梨醇 [5] 。
4.與鉛黃腸球菌、鶉雞腸球菌的鑒別
糞腸球菌不分解鼠李糖，亞碲酸鹽試定驗陽性，鉛黃腸球菌、鶉雞腸球菌則相反。鉛黃腸球菌與鶉雞腸球菌的區別，鉛黃腸球菌產黃色素鶉雞腸球菌則不產 [5] 。