1）眼科局部用藥一般不會引起全身不良反應，但可引起短期眼壓增高，導致眼痛、眼色素膜炎和角膜水腫，這種青光眼癥狀可持續1周后消退，還可導致角膜線狀混濁、玻璃體疝、虹膜色素脫落、葡萄膜炎及創口開裂或延遲愈合等。
2）血液系統：糜蛋白酶可造成凝血功能障礙。
3）其他：（1）肌內注射偶可致過敏性休克。（2）糜蛋白酶可引起組胺釋放，導致局部注射部位疼痛、腫脹。
