SLE病因尚未闡明，多數學者認為是有一定遺傳特征的個體。在多種觸發因素(如感染理化環境因素)作用下，發生免疫紊亂所致的自身免疫性損傷，LN具有明顯的免疫復合物性腎炎特征。
1.內分泌因素 SLE患者多數為女性，且不論男女患者雌激素水平均增高雄激素水平降低。推測高水平雌激素可直接作用B細胞，使其活化，導致分泌自身抗體的活化B細胞大量擴增。在實驗動物中發現雌激素可使其病情加重，而雄激素可使病情減輕。
2.自身組織抗原變異 紫外線照射、藥物化學物質、病原感染等多種因素均可能破壞自身組織暴露組織隱蔽抗原或使正常組織抗原結構改變，激發機體自身免疫損傷。