紙層析是用濾紙作為載體的一種色層分析法，其原理主要是利用混合物中各組分在；流動相和固定相的分配比（溶解度）的不同而使之分離。濾紙上吸附的水為固定相（濾紙纖維常能吸20%左右的水），有機溶劑如乙醇等為流動相，色素提取液為層析試樣。把試樣點在濾紙的濾液細線位置上，當流動相溶劑在濾紙的毛細管的作用下，連續不斷地沿著濾紙前進通過濾液細線時，試樣中各組份便隨著流動相溶劑向前移動，并在流動相和固定相溶劑之間連續一次又一次的分配。結果分配比比較大的物質移動速度較快，移動距離較遠；分配比較小的物質移動較慢，移動距離較近，試樣中各組分分別聚集在濾紙的不同的位置上，從而達到分離的目的。