1.術前、術中應準確進行，病灶定位診斷，包括仔細閱讀X線胸片、CT片、術中進行多軸位透視，認真仔細觀察、確認活檢鉗進入病灶中。
2.麻醉要求比常規纖支鏡檢查高，要保證患者能較安靜地接受檢查。因此術前一般使用鎮靜藥。
3.體位 多選用仰臥位，病情需要者亦可選用半臥位或坐位。
4.插入途徑 一般經鼻或經口插入。
5.直視觀察 應有順序地全面窺視可見范圍的鼻、咽、氣管、隆突和支氣管，然后再重點對可疑部位進行觀察。應特別重視對亞段支氣管的檢查。
6.活檢 在病變部位應用活檢鉗鉗夾組織，注意盡量避開血管，夾取有代表性的組織。
7.刷檢 對可疑部位刷檢送細胞學檢查，同時行抗酸染色以尋找抗酸桿菌，尚可用保護性標本刷（PSB）獲取標本做細菌培養。
8.對于可能發生的氣胸、大出血等應有充分的搶救措施并備置相應的器械和藥品。纖支鏡進入氣道后，應按常規順序對可見范圍進行普查，然后依術前定位將活檢鉗由選定的支氣管口插入，在X線透視監察下經支氣管至末端肺組織，于患者呼氣末進行鉗夾。若為彌漫性肺病變，也可以無X線監視條件下采取標本。