早期Jones報道各種針刺肺活檢的并發癥發生率為11.6%～62%，常見并發癥有氣胸、空氣栓塞、出血、穿刺針道種植播散等。穿刺死亡率為0.1%～1.3%。1994年Szolar報道細針穿刺肺活檢（FNB）890例，并發癥發生率為24.7%，無一例致死性并發癥，提示PALB變得越來越安全。PALB可能發生的并發癥有：
1.氣胸
最為多見，發生率為6%～35%，一般25%左右，多數無癥狀，可自行吸收。大口徑切割針、環鉆活檢及多次重復穿刺易招致氣胸。Todd報道細針穿刺肺活檢2114例，氣胸發生率為31.9%，10.4%須置胸管引流。臨床研究表明采用細針穿刺，如病灶準確定位，熟練穿刺技巧，避免重復穿刺，能明顯減少氣胸的發生。作者采用特制不帶針芯細針連接特制30ml注射器，盡量在一個呼吸周期內穿刺吸取標本，并分別于穿刺前、中、后吸純氧，可減少和預防氣胸的發生，因為肺內氧氣吸收率為氮氣的62倍。1992年作者報道227例次肺穿刺活檢，僅19例（9.2%）發生輕微氣胸，且多吸收自愈。
2.出血
發生率為2.7%～35%，多數為短暫痰帶血絲，無須處理。支氣管腔內出血窒息最為危急。Meyer報道1例穿刺后隨即咯血30ml，2min后心搏驟停，尸檢見支氣管腔內積存血塊約80ml，顯然死于急性呼吸道梗阻。Stevens報道穿刺死亡的23例中，有15例死于難以控制的大咯血及窒息，其中有10例采用切割針。咯血者可緊急行纖維支氣管鏡填塞療法；亦可緊急插Carlens雙腔管，隔開雙肺，以保證健側的呼吸功能。
3.穿刺針道瘤細胞種植
發生率為1/10000，1980年Smith報道發生率為0.5/10000，是人們一直爭論和擔憂的問題。但Todd報道2144例無1例發生穿刺針道瘤細胞種植轉移。并且Lauby的動物實驗和臨床研究指出：“此種危險是理論超過實際”。作者認為，細針穿刺活檢比起臨床常規手術切除（取）活檢所致的腫瘤種植轉移的危險性小得多。作者強調負壓抽吸后不在病灶外減壓，拔針時保持一定負壓，對預防針道種植播散至關重要。細針穿刺活檢是否引起血源性轉移尚無定論，有人研究認為即使是10萬～100萬個癌細胞入血也才只有一個癌細胞形成轉移灶，而且還常常需要細胞間質的共同存在。
4.感染發熱
PALB后胸腔感染機會很少。但也應強調消毒嚴格、無菌操作。穿刺術后酌情使用抗生素。
5.空氣栓塞
很少發生，有人復習文獻5000多例，因空氣栓塞致死者僅2例。常可致冠狀血管、腦血管栓塞，出現休克、呼吸困難、發紺、抽搐等，病情危急，后果嚴重。Lauby報道穿刺后3例（0.57%）發生抽搐，均為立位或坐位穿刺，嚴重者1例24h死亡。以后改為臥位穿刺，無1例發生抽搐。一旦發現或疑為空氣栓塞，應立即左側臥位，頭低腳高。
此外，尚有極少病例細針肺穿刺后死亡原因不能確定。1974年Dick復習文獻，9000例穿刺中有1例死因不明；1978年Lalli報道1例肺假性淋巴瘤穿刺后死亡，尸檢未發現支氣管腔內出血、血氣胸，亦未發現心腦血管有空氣栓塞等，死亡原因不能肯定。