一般可以依據所結合的輔基種類對結合蛋白質進行分類，這種方法具有簡便實用的特點。在自然界中，結合蛋白質的分布要遠比單純蛋白質廣泛。
1、脂蛋白
脂蛋白是由單純蛋白質與酯類結合而構成，通常不溶于乙醚、苯和氯仿等溶劑。主要存在于細胞膜中。
2、磷蛋白
磷蛋白是由單純蛋白質與磷酸結合而構成，不溶于水，溶于堿中，加熱不凝固。主要存在于牛乳(酪蛋白)、蛋類(卵黃磷蛋白)中。
3、核蛋白
核蛋白是由單純蛋白質與核酸成分結合而構成，反應呈弱酸性。主要存在于細胞核和細胞質中。
4、糖蛋白
糖蛋白是由單純蛋白質與糖組分結合而構成，其中，糖組分主要為葡萄糖胺、氨基半乳糖胺、半乳糖和甘露糖等。習慣上，細致地劃分，一般只是將氨基己糖含量<4%的糖蛋白稱為糖蛋白，而將氨基己糖含量>4%時的糖蛋白稱為粘蛋白。
糖蛋白—般主要存在于皮膚、軟骨、骨、結締組織，血液、尿液、胃液和唾液中。
5、色蛋白
色蛋白是由單純蛋白質與色素成分結合而構成。常見的色蛋白有血紅蛋白和肌紅蛋白 (輔基為血紅素，含鐵)，主要存在于血液和肌肉中。