結直腸子宮內膜異位癥的發生機制比較復雜，有以下3種學說：
1.Sampson轉移學說
認為是月經期間子宮內膜細胞經輸卵管反流到盆腔所致，是腹腔內異位的主要原因；
2.Ferguson化生學說
認為是體腔上皮轉變為與子宮內膜形態和功能相同的組織；
3.免疫學說
目前的研究發現子宮內膜異位患者T細胞介導的細胞毒性、自然殺傷細胞活性、B細胞功能、補體水平均有異常，因此認為低免疫功能狀況可能與發病有關。
