根據病史、典型癥狀、體格檢查和各項輔助檢查（實驗室檢查、影像學檢查、結腸鏡檢查、組織細胞學檢查）結果，可作出診斷。除定性診斷外，還應同時對臨床類型、嚴重程度、病情分期、是否合并并發癥等情況，作出判斷
（一）診斷依據
1.腹痛伴里急后重，持續或反復發作的腹瀉、排黏液膿血便，患者按特異性腸炎治療無效。排除克隆病、菌痢、阿米巴痢疾、腸結核、結腸癌等。
2.全身表現及腸外表現。
3.多次糞便常規檢查及培養未發現病原體。
4.X線鋇灌腸，顯示腸黏膜粗糙水腫、多發細小充盈缺損、顆粒樣或結節樣，皺襞粗大、紊亂。腸壁呈鋸齒狀。后期則示腸管變短、僵硬，結腸袋消失，鉛管狀。
5.結腸鏡檢查，發現病變部位彌漫性充血、水腫、糜爛、潰瘍，脆性增加。表面常附有膿性分泌物及血液。多發性假息肉及腸腔狹窄、橋形黏膜。結腸袋變淺或消失。
6.活檢，可見黏膜有單核細胞浸潤為主的炎癥、糜爛、潰瘍。尚可見隱窩炎、隱窩膿腫。同時有腺體排列紊亂、萎縮。杯狀細胞減少，可見潘氏細胞化生。
（二）分期分型
1.臨床類型
分為初發型、慢性復發型、慢性持續型和暴發型。
2.病情程度
分為輕度（腹瀉每天3次以下，便血輕或無，無發熱）、中度（介于輕重度之間）、重度（腹瀉每天6次以上，脈搏在90次/分以上）。
3.病變范圍
分為直腸炎、直腸乙狀結腸炎、左半結腸炎、廣泛結腸炎和全結腸炎。
4.病情分期
分為活動期和緩解期。