由于缺血性腸病癥狀上無特異性，因此，根據臨床表現進行早期診斷較困難。
有發生缺血性腸炎基礎病變者，如出現持續或突發腹痛，經檢查無特殊時應想到缺血性腸炎的可能，如胃腸分泌物中潛血陽性或血便、外周血白細胞升高等對診斷有一定幫助，如出現劇烈腹痛、急腹癥或休克體征需警惕有無腸穿孔之可能。急診內鏡檢查具有確診意義，特別是在便血期，是早期診斷的關鍵。并能確定病變的范圍及病變的階段，同時能獲取組織學檢查，有助于與其他炎性腸病、結腸癌的鑒別診斷。內鏡檢查的注意事項：
(1)如有持續腹痛、便血及腹膜刺激征應考慮壞疽性，鏡檢為禁忌證；
(2)禁用盲目滑鏡、鉤拉、解袢等手法，加重出血，甚至穿孔；
(3)結腸鏡檢查：考慮缺血性結腸炎的患者可行此檢查，鏡下可見腸黏膜節段性病變和潰瘍，發病24小時時，腸腔內充滿血性液體，局部黏膜充血，黏膜易出血；48小時后，局部發白、水腫，并間有充血紅斑，伴黏膜下淤點或散在淺潰瘍。由于某些血管的病變造成血供不足，使缺血病變部位與非病變部位有明確的界限。直腸為雙重血管供血，因此很少累及直腸黏膜病變。
(4)黏膜下出血通常很快被吸收或被潰瘍替代，因此發病后72h內進行內鏡檢查非常重要。對疑及該病者必要時可行血清學、CT、血管造影、彩色多普勒及內鏡等檢查。彩色多普勒檢查是一無創傷相對敏感的檢查手段。有學者對24例缺血性腸病進行彩色多普勒檢查，通過測定腸壁厚度，腸道動脈血流，發現對缺血性腸病診斷的敏感性達82%，特異性達92%，陽性預測值為81%，因此彩超對缺血性腸病的早期診斷及預后監測有重要意義。腸腔內特殊氣體測定也有助于本病的診斷。本病主要與潰瘍性結腸炎、結腸克隆病、結腸癌相鑒別。
鋇劑檢查：壞疽性缺血性結腸炎時，可見結腸邊緣有弧形切跡稱為"指壓征或"假性腫瘤征"(pseudotumors)。
一些癥狀比較重的病人，腸鏡下見到局部黏膜明顯水腫、隆起、充血、出血，以及腸腔狹窄，腸鏡不能通過，可能會誤診為結腸癌，因此要注意鑒別診斷。
慢性期時結腸黏膜蒼白、萎縮、血管紋理不清。慢性期可出現腸腔狹窄，使腸鏡不能通過。結腸鏡檢查必須慎重操作，以免穿孔。
腸鏡活檢組織學檢查：為非特異性改變，可見黏膜下出血和水腫，上皮細胞表面的黏液消失，固有層炎性細胞浸潤，亦可見黏膜隱窩膿腫形成，腺體結構破壞，巨噬細胞內有含鐵血黃素。慢性期黏膜萎縮伴纖維組織及肉芽組織增生和再生上皮形成。
B超：可發現腸壁增厚，多普勒檢查血流改變對診斷有一定幫助，但需更多的經驗。