(1)上行感染：為最常見的感染途徑。在機體抵抗力下降或尿路黏膜損傷(如尿液高度濃縮、月經期間、性生活后等)時，或入侵細菌的毒力大、黏附于尿路黏膜并上行傳播的能力強時，尿道口及其周圍的細菌即容易侵襲尿路而導致腎盂腎炎。由于女性的尿道遠較男性短而寬，且尿道口離肛門近而常被糞便細菌污染，故更易致病。細菌沿尿路上行首先進入腎盂腎盞引起炎癥，然后經腎盂、乳頭部、腎小管上行到達腎實質。
(2)血行感染：較少見。在機體免疫功能低下或某些促發因素下，體內慢性感染病灶(如扁桃體炎、鼻竇炎、齲齒或皮膚感染等)的細菌乘機侵入血液循環到達腎引起腎盂腎炎。血行感染時，細菌首先到達腎皮質，并在該處形成多灶小膿腫，然后沿腎小管向下擴散到腎乳頭和腎盂、腎盂黏膜，但炎癥也可從腎乳頭部有輕微損傷的乳頭集合管(如尿液的結晶損傷等)開始，然后再向上、下擴散。
(3)淋巴管感染：更為少見。認為下腹部和盆腔器官的淋巴管與腎周圍的淋巴管有多數交通支，在升結腸與右腎之間也有淋巴管溝通，因而當盆腔器官炎癥、闌尾炎和結腸炎時，細菌可經淋巴管引起腎盂腎炎。
(4)直接感染：外傷或腎周器官發生感染時，該處細菌可直接侵入腎引起感染。