1.X線腹平片 對重度活動的患者應行X線腹部平片檢查。在中毒性巨結腸患者，可發現黏膜水腫(指壓痕)、腸襻擴張或腸穿孔的征象。小腸CD患者可發現腸梗阻或腸襻被包塊擠壓移位。
2.結腸鏡檢查 為本病診斷與鑒別診斷的最重要手段之一，不僅可直接觀察黏膜病變、病變范圍，還可取活檢獲得組織學診斷。UC病變多從直腸開始逆行向上擴展，呈連續性、彌漫性分布。內鏡下特征有：①黏膜彌漫性充血、水腫，血管紋理模糊、紊亂，黏膜粗糙呈細顆粒狀，質脆易出血及膿血性分泌物附著；②病變明顯處可見彌漫性多發大小及形態不一的糜爛或淺潰瘍，可融合；③慢性病變者可見結腸袋變淺、變鈍或消失，假息肉及橋狀黏膜等(圖1)。結腸鏡下黏膜組織學檢查活動期表現為彌漫性慢性及急性炎性細胞浸潤、隱窩炎、隱窩膿腫、糜爛、潰瘍，緩解期表現為腺體變形、排列紊亂、杯狀細胞減少等黏膜萎縮改變。
CD病變呈節段性分布，可見鵝口瘡樣或縱行或匍行性潰瘍，潰瘍周圍黏膜正常或增生呈鵝卵石樣，腸腔狹窄、腸壁僵硬，可有炎性息肉，病變腸段之間黏膜外觀正常(圖2)。病變部位深鑿活檢可在黏膜固有層發現非干酪壞死性肉芽腫或淋巴細胞聚集。
3.X線造影檢查 根據臨床表現作鋇劑小腸造影或鋇劑灌腸檢查，必要時結合進行，敏感性不如結腸鏡，且不能進行活檢。重型或暴發型UC一般不宜作鋇劑灌腸檢查。UC的X線特征主要有：①黏膜粗亂和(或)顆粒樣改變；②腸管邊緣呈毛刺樣或鋸齒狀，腸壁見多發小龕影及充盈缺損；③結腸袋消失，腸管短縮，可呈鉛管樣。
CD的X線表現為多發性、節段性腸道炎癥性病變，可見病變黏膜皺襞粗亂、縱行裂隙狀潰瘍、卵石征、狹窄、瘺管、假息肉形成等。
4.B型超聲、CT、磁共振(MRI) 可顯示腸壁增厚、腹腔內包塊或膿腫。