本期預防建立在二級預防基礎之上，及時的治療可降低并發癥的發生。肺結核的并發癥為：
①大面積雙肺結核功能大面積受損，導致支氣管擴張易繼發肺部感染，二者均可導致功能進一步受損乃至呼吸衰竭。
②長期反復發作導致的慢性纖維空洞型肺結核進一步影響其肺心功能。
③大面積胸膜粘連是結核性胸膜炎治療不當所致，可引起限制性通氣功能障礙，乃至肺心病與呼吸衰竭。因此，在肺結核治愈防止復發是三級預防的關鍵，這便要求臨床醫師在治療時嚴格按照早期、規律、適量、聯合、全程地使用敏感藥物的原則，對待病人，并加強督導，使肺結核患者的病損程序減少到最低，防止復發所帶來的嚴重不良后果。 并發癥多因診治不及時或不適當所致，應盡可能使肺結核患者的病損程序減少，在阻止病變進一步發展的基礎上，保存現有肺心功能，充分發揮其潛在的代償能力，使患者達到功能康復。
對因肺結核而病殘者，社會上加以愛護與指導，首先對繼續排菌者進行適當隔離并督導用藥，爭取在強化治療過程中控制痰菌。在此基礎上，要向社會及家庭進行宣傳，爭取社會和家庭各方面的關懷和幫助，加強患者功能鍛煉與營養支持都是長期而繁雜的工作，需要家庭成員的大力參與支持。心理康復是肺結核患者一個容易被忽視的問題，醫務工作者有責任把肺結核的病原體、發病機制、傳播途徑、治療預期目的和當前治療效果如實地向患者進行交代，以消除患者某些不必要的心理顧慮，要向其講明適當的隔離措施的目的及時限，并講明肺結核是一種可以基本控制的傳染性疾病，建立患者戰勝疾病的信心，這對患者積極配合治療及早康復都是有益的。