1.高血壓
高血壓是本病最主要的直接病因，尤其是慢性高血壓。
2.動脈硬化
腔隙性腦梗塞與動脈硬化緊密關聯。
3.糖尿病
糖尿病可導致遠端肢體腎臟、視網膜周圍神經和腦神經的小動脈梗死性病變，但糖尿病對腦的小血管病變的作用尚未明確定位。流行病學的調查結果表明，糖尿病是卒中的危險因素之一，但尚缺乏糖尿病和腔隙性腦梗塞有聯系的證據。糖尿病時血的凝固性和黏度的增高，血小板黏附性的增強，無疑可加重腦的深穿通支動脈的血流供應，對腔隙性腦梗塞的形成起了重要的作用。
4.栓子
（1）心源性栓子 風濕性心臟病或非風濕性心臟病的附壁栓子脫落。
（2）動脈源性栓子 包括有或無潰瘍的動脈粥樣硬化、纖維肌肉性血管病、夾層動脈瘤的血栓脫落，尤其是升主動脈、頸動脈中粥樣硬化斑塊脫落形成的栓子，是引起腔隙性腦梗塞的重要原因之一。
5.其他因素
高脂血癥、高黏血癥、吸煙、飲酒。